इतिहासकारांच्या मते, कौशल प्रदेशची प्राचीन राजधानी अवध नंतर अयोध्या आणि बौद्ध काळात साकेत म्हणून ओळखली जाऊ लागली. अयोध्या हे मुळात मंदिरांचे शहर होते. मात्र, हिंदू, बौद्ध आणि जैन धर्माशी संबंधित मंदिरांचे अवशेष आजही येथे पाहायला मिळतात. जैन मतानुसार आदिनाथांसह ५ तीर्थंकरांचा जन्म येथे झाला. बौद्ध मान्यतेनुसार भगवान बुद्धांनी येथे काही महिने वास्तव्य केले होते.
अयोध्येची स्थापना भगवान श्री राम यांचे पूर्वज विवस्वन (सूर्य) यांचा पुत्र वैवस्वत मनू याने केली होती, तेव्हापासून महाभारत काळापर्यंत या शहरावर सूर्यवंशी राजांचे राज्य होते. येथेच दशरथाच्या महालात भगवान श्रीरामांचा जन्म झाला. महर्षी वाल्मिकींनीही रामायणातील इतर इंद्रलोकांशी जन्मभूमीचे सौंदर्य आणि महत्त्व यांची तुलना केली आहे. धन-धान्य-रत्नांनी भरलेल्या अयोध्या नगरीचे वर्णन आणि अयोध्या शहरातील अतुलनीय सावली आणि गगनचुंबी इमारतींचे वर्णन वाल्मिकी रामायणातही आढळते.
भगवान श्रीरामांनी जलसमाधी घेतल्यावर अयोध्या काही काळ उजाड झाली होती, पण त्यांच्या जन्मभूमीवर बांधलेला राजवाडा तसाच राहिला, असे म्हणतात. भगवान श्रीरामाचा पुत्र कुश याने पुन्हा एकदा राजधानी अयोध्येची पुनर्बांधणी केली. या बांधकामानंतर सूर्यवंशाच्या पुढील ४४ पिढ्यांपर्यंत शेवटचा राजा महाराज बृहदबल यांच्यापर्यंत त्याचे अस्तित्व शिखरावर राहिले. कौशलराज बृहदबल यांचा महाभारत युद्धात अभिमन्यूच्या हातून मृत्यू झाला. महाभारताच्या युद्धानंतर अयोध्या उजाड झाली, पण श्री रामजन्मभूमीचे अस्तित्व अजूनही कायम आहे.
यानंतर असा उल्लेख आहे की ख्रिस्तपूर्व 100 वर्षांपूर्वी उज्जैनचा चक्रवर्ती सम्राट विक्रमादित्य शिकार करत असताना एके दिवशी अयोध्येला पोहोचला होता. थकव्यामुळे ते आपल्या सैन्यासह अयोध्येतील सरयू नदीच्या काठावर असलेल्या आंब्याच्या झाडाखाली विश्रांती घेऊ लागले. त्यावेळी येथे घनदाट जंगल होते. इथेही वस्ती नव्हती. महाराज विक्रमादित्य या भूमीत काही चमत्कार पाहू लागले. मग त्याने शोध सुरू केला आणि जवळच्या योगी आणि संतांच्या कृपेने त्याला कळले की ही श्रीरामाची अवध भूमी आहे. त्या संतांच्या सूचनेने सम्राटाने येथे भव्य मंदिर तसेच विहिरी, तलाव, राजवाडे इ. श्री रामजन्मभूमीवर काळ्या रंगाच्या टच दगडाने 84 खांबांवर बांधलेले विशाल मंदिर त्यांना मिळाले होते, असे सांगितले जाते. या मंदिराची भव्यता नुसती पाहून झाली.
,
विक्रमादित्यानंतरच्या राजांनी वेळोवेळी या मंदिराची देखभाल केली. त्यापैकी एक, शुंग वंशाचा पहिला शासक पुष्यमित्र शुंग यानेही मंदिराचा जीर्णोद्धार केला. अयोध्येतून पुष्यमित्राचा एक शिलालेख प्राप्त झाला, ज्यामध्ये त्यांना सेनापती म्हटले आहे आणि त्यांनी दोन अश्वमेध यज्ञ केल्याचे वर्णन आहे. गुप्त वंशाच्या चंद्रगुप्त II च्या काळात आणि त्यानंतर बराच काळ अयोध्या ही गुप्त साम्राज्याची राजधानी होती हे अनेक शिलालेखांवरून ज्ञात आहे. गुप्त महान कवी कालिदास यांनी रघुवंशात अयोध्येचा उल्लेख अनेकदा केला आहे.
इतिहासकारांच्या मते, 600 बीसी मध्ये अयोध्या हे एक महत्त्वाचे व्यापार केंद्र होते. 5 व्या शतकादरम्यान या ठिकाणाला आंतरराष्ट्रीय मान्यता मिळाली जेव्हा ते एक प्रमुख बौद्ध केंद्र म्हणून विकसित झाले. तेव्हा त्याचे नाव साकेत होते. असे म्हटले जाते की चिनी भिक्षू फा-हियान यांनी येथे अनेक बौद्ध मठांच्या नोंदी ठेवल्याचे पाहिले होते. येथे चिनी प्रवासी Hientsang 7 व्या शतकात आला. त्यांच्या म्हणण्यानुसार, येथे 20 बौद्ध मंदिरे आणि 3,000 भिक्षू राहत होते आणि येथे एक मोठे आणि भव्य हिंदू मंदिर देखील होते, जिथे हजारो लोक दररोज भेट देत असत.
,
यानंतर ख्रिस्ताच्या 11व्या शतकात कन्नौजचा राजा जयचंद आला तेव्हा त्याने सम्राट विक्रमादित्यची स्तुती करणारा शिलालेख उखडून टाकला आणि मंदिरावर आपले नाव लिहिले. पानिपतच्या युद्धानंतर जयचंदचाही मृत्यू झाला. यानंतर भारतावरील आक्रमकांचे आक्रमण आणखी वाढले. आक्रमकांनी काशी, मथुरा तसंच अयोध्या लुटली आणि पुजाऱ्यांना मारून मूर्ती तोडण्याचा प्रकार चालू ठेवला. मात्र चौदाव्या शतकापर्यंत अयोध्येतील राम मंदिर पाडण्यात त्यांना यश आले नव्हते.
विविध आक्रमणांनंतरही, श्री राम जन्मभूमीवर बांधलेले भव्य मंदिर सर्व वादळे सहन करत 14 व्या शतकापर्यंत टिकून राहिले. सिकंदर लोदीच्या काळात येथे मंदिर अस्तित्वात असल्याचे सांगितले जाते. 14 व्या शतकात भारत मुघलांच्या ताब्यात गेला आणि त्यानंतरच रामजन्मभूमी आणि अयोध्या नष्ट करण्यासाठी अनेक मोहिमा सुरू झाल्या. शेवटी, 1527-28 मध्ये, हे भव्य मंदिर पाडण्यात आले आणि त्याच्या जागी बाबरीची इमारत उभारण्यात आली.
असे म्हटले जाते की बिहार मोहिमेदरम्यान मुघल साम्राज्याचा संस्थापक बाबरच्या सेनापतीने अयोध्येतील श्री राम जन्मस्थानावरील प्राचीन आणि भव्य मंदिर पाडले आणि मशीद बांधली, जी 1992 पर्यंत अस्तित्वात होती.
बाबरनामानुसार, 1528 मध्ये अयोध्येतील मुक्कामादरम्यान बाबरने मशिदीच्या बांधकामाचे आदेश दिले. अयोध्येत बांधलेल्या मशिदीत कोरलेल्या दोन संदेशांवरूनही हे सूचित होते. यापैकी एक विशेष उल्लेखनीय आहे. त्याचा सार असा की, 'एवढ्या महान शासक बाबरच्या आज्ञेवरून ज्याच्या न्यायाची चर्चा स्वर्गापर्यंत होते, त्या
दयाळू मीर बाकीने देवदूतांचे हे स्थान परिपूर्ण केले.'
अकबर आणि जहांगीरच्या काळात ही भूमी एका व्यासपीठाच्या रूपाने हिंदूंच्या ताब्यात देण्यात आली होती, असेही म्हटले जात असले तरी, आपला पूर्वज बाबर यांचे स्वप्न पूर्ण करत क्रूर शासक औरंगजेबाने येथे भव्य मशीद बांधली आणि त्याचे नाव दिले. बाबरी मशीद टाकली होती.